Mark Webber (Red Bull) signe la position de tête du Grand Prix du Japon devant son coéquipier Sebastian Vettel. En 2e ligne, on retrouvera Lewis Hamilton (Mercedes) et Romain Grosjean (Lotus). La 3e ligne sera composée de Felipe Massa (Ferrari) et de Nico Rosberg (Mercedes). Nico Hulkenberg (Sauber) et Fernando Alonso (Ferrari) partiront de la 4e ligne de départ. Kimi Räikkönen (Lotus) et Jenson Button (McLaren) se sont également qualifiés dans le top 10. Adrian Sutil (Force India) sera pénalisé de 5 places sur la grille de départ pour un changement de boîte de vitesses.
| Pos | No | Pilote | Équipe | Q1 | Q2 | Q3 | Tours |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | Mark Webber | Red Bull Racing-Renault | 1:32.271 | 1:31.513 | 1:30.915 | 13 |
| 2 | 1 | Sebastian Vettel | Red Bull Racing-Renault | 1:32.397 | 1:31.290 | 1:31.089 | 13 |
| 3 | 10 | Lewis Hamilton | Mercedes | 1:32.340 | 1:31.636 | 1:31.253 | 17 |
| 4 | 8 | Romain Grosjean | Lotus-Renault | 1:31.824 | 1:31.565 | 1:31.365 | 21 |
| 5 | 4 | Felipe Massa | Ferrari | 1:31.994 | 1:31.668 | 1:31.378 | 17 |
| 6 | 9 | Nico Rosberg | Mercedes | 1:32.244 | 1:31.764 | 1:31.397 | 17 |
| 7 | 11 | Nico Hulkenberg | Sauber-Ferrari | 1:32.465 | 1:31.848 | 1:31.644 | 19 |
| 8 | 3 | Fernando Alonso | Ferrari | 1:32.371 | 1:31.828 | 1:31.665 | 16 |
| 9 | 7 | Kimi Räikkönen | Lotus-Renault | 1:32.377 | 1:31.662 | 1:31.684 | 19 |
| 10 | 5 | Jenson Button | McLaren-Mercedes | 1:32.606 | 1:31.838 | 1:31.827 | 15 |
| 11 | 6 | Sergio Perez | McLaren-Mercedes | 1:32.718 | 1:31.989 | 16 | |
| 12 | 14 | Paul di Resta | Force India-Mercedes | 1:32.286 | 1:31.992 | 15 | |
| 13 | 17 | Valtteri Bottas | Williams-Renault | 1:32.613 | 1:32.013 | 14 | |
| 14 | 12 | Esteban Gutierrez | Sauber-Ferrari | 1:32.673 | 1:32.063 | 15 | |
| 15 | 16 | Pastor Maldonado | Williams-Renault | 1:32.875 | 1:32.093 | 15 | |
| 16 | 19 | Daniel Ricciardo | STR-Ferrari | 1:32.804 | 1:32.485 | 11 | |
| 17 | 15 | Adrian Sutil | Force India-Mercedes | 1:32.890 | 10 | ||
| 18 | 18 | Jean-Eric Vergne | STR-Ferrari | 1:33.357 | 6 | ||
| 19 | 23 | Max Chilton | Marussia-Cosworth | 1:34.320 | 8 | ||
| 20 | 20 | Charles Pic | Caterham-Renault | 1:34.556 | 8 | ||
| 21 | 21 | Giedo van der Garde | Caterham-Renault | 1:34.879 | 9 | ||
| 22 | 22 | Jules Bianchi | Marussia-Cosworth | 1:34.958 | 5 | ||
| Q1 107% Time | 1:38.251 |